Russian (Russia) 
English (United Kingdom) 
Родился и провел детство в г. Полтаве. В 1964 году переехал в Ленинград и всю жизнь прожил в Ленинграде/Санкт-Петербурге. Окончил философский факультет Ленинградского государственного университета (1970), аспирантуру там же (1973).
В 1973 г. защитил кандидатскую диссертацию «Проблема логико-гносеологического обоснования принципа детерминизма в философии и физике», в 1986 г. — докторскую диссертацию «Материализм Чернышевского, Добролюбова, Писарева». С 1973 г. ассистент и старший преподаватель кафедры истории философии ЛГУ, с 1979 г. — доцент той же кафедры, с 1988 г. — профессор. С 1990 г. профессор кафедры истории русской философии. Заслуженный работник высшей школы.
Разрабатывал проблемы и темы: русская философия второй половины XVII в. (протопоп Аввакум, Юрий Крижанич, Симеон Полоцкий, религиозное просветительство Юго-Западной Руси); русская философия начала XVIII в., русская материалистическая философия XIX в., философия Ф. Достоевского и В. Соловьева, философия русской поэзии.
Развивал концепцию западнического умонастроения в России как имеющего двухсотлетнюю историю. Рассматривал философию и культуру XVII в. как переходный этап от философских идей древней и средневековой Руси к философии послепетровского времени, обосновывает начало единого процесса развития философской мысли с этого времени. Исследуя происходившие в России XVIII в. изменения духовности, выделял три культуры: светскую, религиозно-церковную и народную, а также соответствующие формы мировоззрения, разрабатывал концепцию секуляризационного процесса в русской философии XVIII в.
Согласно Никоненко, в материализме XIX в. формируется и функционирует единое течение русской философской мысли, начало которому было положено Белинским, а высшие результаты достигнуты Чернышевским, выдвигает концепцию существования в России «школы Чернышевского», представители которой работали в рамках единой системы понятий. Разрабатывал концепцию детерминации русской философии, в частности философии В. Соловьева, не только философскими источниками, но и литературным процессом. Разрабатывал оригинальные трактовки таких методологических понятий истории русской философии, как «русское просвещение», «революционный демократизм», «народничество», «марксистский период русской философии» и др.
Читал курс лекций по истории русской философии в 1973 — 1991 гг. (отделение философии), с 1991 г. по 2013 г. — курс лекций по истории русской философии на отделении культурологии и историческом факультете СПбГУ. С 2001 г. — курс лекций «Философия в русской литературе». Вел спецкурсы: «Ф.М. Достоевский в русской мысли», «Н.Г. Чернышевский и его школа в русской философии», «Философия и идеология народничества», «В.С. Соловьев и его философское окружение», «Русская культура накануне петровских преобразований», Философия и русская художественная культура XIX века«, «Философия и русская художественная культура начала ХХ века».
Под руководством Никоненко защищено пять кандидатских диссертаций. Редактировал сборники статей и сборники учебных программ. Автор более шестидесяти научных публикаций.
Монографии Никоненко В.С.:
- Материализм Н.Г. Чернышевского. Л., Издательство ЛГУ, 1979 (в соавторстве с С.С. Волком)
- Материализм Чернышевского, Добролюбова, Писарева. Л., Издательство ЛГУ, 1983
- Николай Александрович Добролюбов. М., Издательство «Мысль», 1985
- Русская философия накануне петровских преобразований. СПб., Издательство СПбГУ, 1996
- Философская интерпретация художественной литературы. СПб, Издательство СПбГУ, 2009 (в соавторстве с А.И. Бродским)