Кафедра Онтологии и теории познания возникла как кафедра Диалектического и исторического материализма (спец. 09.00.01) в 1939 году. На основании приказа ВКВШ (Всесоюзный комитет по высшей школе) от 29.09.39 г. № 526, организуется с 1 сентября 1939 г. философское отделение исторического факультета Ленинградского государственного университета в составе двух групп 1 курса и одной группы 2-го курса. В связи с этим в состав исторического факультета включается кафедра диалектического и исторического материализма (Приказ по ЛГУ № 1255 от 23.10. 1939 г.).
Онтологическое направление кафедра начала приобретать при декане философского факультета ЛГУ В. П. Тугаринове в 1950-е гг., который возглавлял кафедру с 1960 по 1967. С 1967 по 1979 г кафедру возглавлял В.П. Рожин. В 1969 году из кафедры выделилась кафедра исторического материализма, а сама она получила название кафедры диалектического материализма. С 1979 по 1989 г. кафедру возглавлял В. Г. Иванов. Современное название носит с 1989 года. Первым заведующим кафедры с ее актуальным названием был профессор Борис Васильевич Марков, который возглавлял ее с 1989 по 1994 г. С 1994 по 2014 г. кафедру возглавлял профессор Борис Иванович Липский. С 2014 по 2022 г. кафедру возглавлял доцент Александр Владимирович Дьяков. С 2022 года кафедру возглавляет профессор Илья Игоревич Докучаев.
За восемьдесят лет существования кафедры проведены фундаментальные исследования в области онтологии, теории познания, философских проблем языка и семиотики, подготовлены десятки специалистов.
В 1950-е годы формирование кафедры обусловлено, с одной стороны, трудами Л. О. Резникова научная ориентация которого в значительной степени связана с проблемами теории познания, роли языка в процессе мышления, анализа знаков и знаковых систем, с другой - с работами В. П. Тугаринова и В. И. Свидерского, научные интересы которых относились преимущественно к онтологической проблематике. Основные линии развития кафедры определены такими фундаментальными работами как, например: "Гносеологические вопросы семиотики" (Л. О. Резников, 1964), "Соотношение категорий диалектического материализма" (В. П. Тугаринов, 1956), "О некоторых принципах философского истолкования действительности" (В. И. Свидерский, 1968).
Значительный вклад в развитие кафедры внесла, М. С. Козлова, исследовавшая семиотические аспекты структур сознания, особенности языка как семиотической системы в его взаимоотношении с другими знаковыми системами (Философия и язык. М., 1972). Б. И. Липский исследовал проблему истины, рассматривая ее не только как цель познания, но и как средство осуществления человеческой деятельности. (Практическая природа истины. Л., 1988). Значительный интерес представляют труды Б. В. Маркова. В книге "Разум и сердце" (СПб, 1993) он показывает, что жизнь и судьба человека не определяется всецело рациональным мышлением. В жизни каждого человека наряду с рациональной "логикой разума" и эмоциональными "порывами сердца" огромную роль играет такой феномен как телесность. Именно из "разговора" разума, сердца и тела возникает специфическая форма дискурса, позволяющая перейти от одномерной модели сознания, основанной на чистой рациональности, к новому менталитету, отражающему все богатство содержания объективного и субъективного бытия человека.
Современные преподаватели кафедры также создали и создают значительные философские труды. Необходимо отметить работы А.В. Дьякова в области истории французского постмодернизма, посвященные Феликсу Гваттари, Ролану Барту, Жилю Делезу, Жаку Лакану, Мишелю Фуко, Жану Бодрийяру; работы С.В. Никоненко по истории аналитической философии, посвященные Людвигу Витгенштейну и Бертрану Расселу; работы И.И. Докучаева по истории феноменологии, посвященные Эдмунду Гуссерлю и Людвигу Ландгребе, онтологии («Бытие и истина», 2022), аксиологии («Ценность и экзистенция», 2009) и семиотике («Феноменология знака», 2010).